Основан в 1811 году, первоначально существовал как войлочный дуган. Первый каменный Согчен дуган – главный соборный храм возводился русскими мастерами «без плана». Конструкция одноглавой православной церкви была приспособлена под буддийский храм, который строился в 1811-1816 годах.

Первоначально дацан состоял из Согчен дугана и четырех аймачных сумэ – малых храмов: Чойра (Дара- Эхэ,1811 год), Дуйнхор (1811 год), Манла (1816 год), Гунгриг (1816 год). В 1879-1886 годах был построен новый Согчен дуган, к 1903 году на территории дацана было уже 13 храмов, а в богослужениях принимали участие до 700 лам.

Комплекс «Агинский дацан» - произведение объемно-планировочного искусства, выражающее символику столпов буддийского учения. Структура дацана и архитектурные образы дуганов повторяют космографический принцип мандалы горы Сумеру и образуют систему символов, имеющих ритуальное и философское содержание.

В самом центре храмового комплекса возвышается величественный Согчен дуган – главный храм дацана - символизирует собой Три Драгоценности Будду, Дхарму и Сангху. Это внушительное трухъярусное сооружение, возведенное в 1886 году, неоднократно ремонтировалось и реставрировалось, но облик его остался первоначальным.

Рядом с Согчен дуганом расположена двадцатидвухметровая ступа «Юндэн Чойдон» - «Ступа примирения» - самая высокая ступа в России.

Ступы воздвигают для привнесения гармонии и в память о значимых событиях и личностях буддийской истории. В храмовый комплекс Агинского дацана также входят восемь ступ, посвященных величайшим событиям из жизни Будды Шакьямуни; ступы, посвященные ламам Агинского дацана.